رودخانه اترک یکی از منابع اصلی تامین آب استان های خراسان رضوی، خراسان شمالی و گلستان بوده که از اهمیت ویژهای نیز به دلیل تشکیل قابل توجهی از مرز ایران و ترکمنستان برخوردار است. متاسفانه کمبود اطلاعات کمی و کیفی به دلیل نداشتن سیستم پایش مناسب یکی از مهم ترین چالشها در بررسی کیفی آب این رودخانه است. هدف اصلی تحقیق مذکور ارایه چارچوبی مناسب جهت بررسی کیفی این رودخانه با توجه به محدودیتهای ذکر شده است.